Školský rok 1938/1939 začal v ťaživej atmosfére. V priebehu septembra 1938 bol na Československo stupňovaný zahranično-politický tlak. Republika sa pripravovala na vojnu. Dňa 23. septembra 1938 bola vyhlásená všeobecná mobilizácia a obyvatelia s napätím sledovali politické dianie. Konferenciou v Mníchove sa bezprostredný vojenský stret podarilo oddialiť, situácia však bola vyriešená na úkor Československej republiky a jej územia. Na Slovensku reagovala na zmenené pomery Hlinkova slovenská ľudová strana, ktorá iniciovala stretnutie do Žiliny, kde bola 6. októbra 1938 vyhlásená autonómia. Nová autonómna vláda začala s početnými štrukturálnymi zmenami. HSĽS sa v mnohých oblastiach inšpirovala totalitnými a autoritatívnymi režimami v zahraničí. To sa dotklo aj oblasti školstva. V autonómnej vláde bolo zriadené ministerstvo školstva, ktoré prevzalo do svojej právomoci zodpovedajúcu agendu. Školský rok začal v rozpačitej atmosfére a vyučovanie bolo v období mobilizácie prerušené. Začiatkom októbra 1938 sa začalo s pravidelným vyučovaním. V Nitre pokračovala neistá situácia, ktorá súvisela so slovensko-maďarskými rokovaniami o vyriešení územných požiadaviek maďarskej strany. Existovali obavy, že Nitra bude súčasťou tzv. arbitrážneho územia, teda územia, ktoré pripadne Maďarsku. Viedenská arbitráž 2. novembra 1938 stanovila novú hraničnú líniu tak, že Nitra zostala súčasťou slovenského územia.

Nitrianske školy, podobne ako ostatné školy na území Slovenska, čakali od jesene 1938 rozsiahle personálne zmeny. Najzásadnejšia sa týkala českých učiteľov, ktorí na Slovensku pôsobili. V krátkom čase musela podstatná časť z nich, spolu s rodinami, opustiť zamestnanie aj územie Slovenska. Tŕňom v oku novej vládnej moci bola skutočnosť, že mnohí českí učitelia pôsobili na Slovensku dlhodobo, napriek tomu si neosvojili slovenský jazyk a boli pilierom československej identity a štátnosti, lojálni Prahe. Pri zásadných zmenách spojených s vyhlásením autonómie vyvolávanie a podpora protičeských nálad uľahčovali predstaviteľom HSĽS obsadenie dôležitých postov spoľahlivými osobami. Táto časť agendy predstavovala výrazný motív HSĽS, ktorá sa stavala do úlohy ochrankyne slovenských národných záujmov. Českí učitelia boli nútení opustiť slovenské územie bez uznania oprávnených zásluh. Príkladom môžu byť Vojtěch Měrka (Vojtech Mierka), riaditeľ Obchodnej školy v Nitre alebo Vojtěch Vlach, riaditeľ Štátnej meštianskej školy (dnes ZŠ kniežaťa Pribinu), botanik a geológ. Po odchode vedúcich pracovníkov a riaditeľov sa v školskom roku 1939/1940 podstatne zmenilo personálne obsadenie učiteľských pozícii, pretože českí učitelia boli vysťahovaní do Protektorátu Čechy a Morava a ich miesta boli obsadené slovenskými záujemcami. Ako príklad možno uviesť Štátne slovenské gymnázium v Nitre, kde sa podstatne zmenil pedagogický zbor. Odišlo 20 učiteľov, z toho 13 do Protektorátu.

Núteným odchodom učiteľov českej národnosti sa čiastočne riešili sociálne problémy na Slovensku. Ďalším krokom v tejto oblasti bola snaha o zamestnanie inteligencie prepúšťaním vydatých učiteliek. V ich prípade sa predpokladalo, že o finančné zabezpečenie sa postará manžel a na uvoľnené miesta mali prísť mladí začínajúci učitelia. Na pozadí tohto postupu bola predstava vlády o návrate žien k rodine a rozdeleniu mužsko-ženských úloh v spoločnosti. Úrady tak riešili ekonomické a sociálne otázky zaobalením do ideologického rámca. Učiteľské povolanie bolo považované za atraktívne, tešilo sa spoločenskej úcte a zároveň predstavovalo materiálnu istotu v podobe štátnej služby.

Okrem personálnej otázky sa krátko po vyhlásení autonómie dočkala zmien aj vizuálna stránka školských tried. Odstraňované boli fotografie, obrazy a pripomienky československých prezidentov T. G. Masaryka a E. Beneša. Prehodnotením prešli aj knihy a učebnice používané v školách. Zo školských knižníc boli vyradené publikácie autorov spätých s Československou republikou (napr. T. G. Masaryk, E. Beneš, V. Šrobár, M. Hodža…), ale aj autorov a autoriek, ktorých názory a postoje sa nezhodovali s ideami nastupujúceho politického režimu (napr. Hana Gregorová). Nová vládnuca moc sa netajila, že výchova bude v budúcnosti vedená v duchu národnej a kresťanskej ideológie. Nariadením autonómnej slovenskej vlády preto mali byť do učební povinne umiestňované kríže. Dopyt po tomto kresťanskom symbole využívali miestni podnikatelia, ktorí ponúkali v miestnych novinách svoje sakrálne výrobky.

Zmeny sa dotkli aj obsahu vzdelávania. Povinne bola zavedená náboženská výchova. Opatrenie sa dotklo okrem cirkevných aj štátnych meštianskych a ľudových škôl. Tento postup predpokladala aj ústava prijatá 21. júla 1939. Ďalším citeľným opatrením bolo zrušenie koedukácie, teda spoločného vyučovania pre chlapcov a dievčatá. Spoločné triedy boli zo strany štátu považované za problematické a nevhodné. Vyplývalo to z presvedčenia, že dievčatá a chlapci by mali byť pripravovaní na rôzne úlohy v rámci spoločnosti a tomu by mal zodpovedať aj rôzny obsah vzdelávania. Koedukácia bola zrušená v júli 1939. Pre dievčatá sa zriaďovali osobitné stredné školy alebo samostatné triedy na chlapčenských školách. Nariadenie o ukončení koedukácie by bolo z praktického hľadiska náročné vykonať na ľudových školách, preto tam spoločné vyučovanie chlapcov a dievčat pokračovalo, ak z organizačných dôvodov nemohlo dôjsť k ich oddeleniu. Vo vzdelávaní mali byť chlapci oboznámení s rôznymi praktickými úlohami a riešením technických problémov. Dievčatá sa mali venovať šitiu, vyšívaniu, opravovaniu pančúch, vareniu a rôznym prácam potrebným pri vedení domácnosti.

Zásadné opatrenia sa dotkli vzdelávania židovských detí. Tie nemohli navštevovať školy spolu s kresťanskými žiakmi a podľa nariadenia z roku 1940 mohli Židia absolvovať povinnú dochádzku iba v židovských školách, ktoré štát prestal finančne podporovať. Zostali odkázané na financie židovských organizácii a združení. S postupujúcou protižidovskou agendou a opatreniami boli židovské školy zatvárané a žiaci, spolu s rodičmi, zaraďovaní na deportačné zoznamy.

Štruktúra škôl ako bola vytvorená počas prvej Československej republiky, zostala zachovaná. Najnižším, nepovinným, stupňom boli tzv. detské opatrovne pre deti vo veku 3 – 6 rokov. Mali byť výpomocou pre rodičov, kde rozpočet vyžadoval, aby pracovali otec aj matka. V praxi často ženy nepracovali, preto nie všetky deti týmto stupňom prešli. V Nitre fungovala Štátna detská opatrovňa a Rímsko-katolícka opatrovňa na Farskej ulici. V dobových kontextoch bolo unikátom  zriadenie Židovskej detskej opatrovne v septembri 1942. Podľa znenia Vládneho nariadenia č. 198/1941 (Židovský kódex) nemohli židovské rodiny zamestnávať pomocnice v domácnosti a zároveň vo veku od 16 do 60 rokov sa na obyvateľov vzťahovala pracovná povinnosť. Pracujúce židovské matky sa preto nemohli venovať celodennej starostlivosti o deti a bolo potrebné zriadiť opatrovňu. Finančné náklady na jej chod niesla miestna židovská náboženská obec. Navštevovali ju deti, ktorých rodičia z rôznych dôvodov neboli (dočasne) zaradení na deportačné zoznamy. Počet detí v triede mal klesajúcu tendenciu. Pôvodne ich bolo zapísaných 46, v apríli 1944 už iba 34. Na jeseň 1944, v čase, keď boli obnovené deportácie z Nitry, boli deti zapísané v opatrovni spolu s jej personálom odtransportovaní a následne bola opatrovňa zrušená.

Povinná školská dochádzka zahŕňala nástup na ľudové školy. Na ľudovej škole mohol žiak stráviť 8 rokov a následne pokračovať v štúdiu na strednej škole. Ďalšou možnosťou bolo po piatom ročníku ľudovej nastúpiť na meštiansku školu. V Nitre v rokoch 1939 – 1944 fungovala Štátna ľudová škola, Rímskokatolícka ľudová škola chlapčenská na Vŕšku, Rímskokatolícka ľudová škola zmiešaná na Mudroňovej ulici a Rímskokatolícka ľudová škola dievčenská. Okrem toho fungovali aj Rímskokatolícka ľudová škola na Zobore a v časti Párovské Háje, ktoré boli zmiešanými školami. V meste pôsobila aj Evanjelická ľudová škola a Nemecká ľudová škola. Napriek početnej maďarskej komunite, nefungovala v Nitre samostatná škola pre deti maďarskej národnosti, hoci sa rodičia aj činitelia Maďarskej zjednotenej strany takejto školy dožadovali.

Meštianske školy (tzv. meštianky) poskytovali vyšší stupeň vzdelania ako vyššie ročníky ľudovej školy. Na meštiankach každý predmet učil iný učiteľ. Meštianske školy boli v Nitre tri: Štátna meštianska škola chlapčenská, Štátna meštianska škola dievčenská a Rímskokatolícka dievčenská meštianska škola. Meštiansku školu nemali príslušníci nemeckej ani maďarskej národnosti a ani sa o jej zriadení neuvažovalo. Budova Štátnej meštianskej školy chlapčenskej a Štátnej meštianskej školy dievčenskej bola na Číneši (dnešná ZŠ Pribinu). Do roku 1938 prebiehala koedukácia, následne boli ročníky rozdelené podľa pohlavia. Rímsko-katolícka meštianska škola dievčenská bola v komplexe škôl na Farskej ulici.

Na úrovni stredných škôl v Nitre fungovali dve gymnáziá: Štátne slovenské gymnázium a Rímskokatolícke biskupské slovenské dievčenské gymnázium. V Štátnom slovenskom gymnáziu boli po zrušení koedukácie samostatné triedy pre dievčatá. Na stredoškolskej úrovni fungovala aj Rímskokatolícka slovenská dievčenská učiteľská akadémia. Tá pripravovala na ďalšiu profesionálnu dráhu učiteľky pre katolícke ľudové školy. Akadémiu viedli predovšetkým rádové sestry, ktoré tu aj vyučovali. Štúdium na akadémii trvalo 5 rokov. Žiačky pochádzali nie len z Nitry, ale aj z iných častí Slovenska. Stredoškolské vzdelanie poskytovala aj Verejná slovenská škola pre ženské povolania. K vyhľadávaným patrila Štátna slovenská obchodná akadémia a obchodná škola. Podobne ako v prípade štátneho gymnázia, aj tu boli vytvorené oddelené triedy pre chlapcov a dievčatá. Tradíciu v meste mala aj Hospodárska škola, ktorá združovala Roľnícku školu dvojročnú a Odbornú školu hospodársku, ktorá bola tiež dvojročná. Okrem toho fungovala aj Učňovská škola, ktorá poskytovala vzdelanie v deviatich odboroch: stavebnom, drevospracujúcom, kovospracujúcom, obchodnom, krajčírskom (mužské a ženské krajčírstvo), obuvníckom, potravinárskom a umeleckom. Škálu nitrianskych škôl dopĺňala aj židovská ješiva, ktorá pod vedením rabína Samuela Ungara fungovala do jesene 1944. Študenti, žiaci a učitelia všetkých stupňov škôl boli opakovane vyzývaní, aby sa aktívne zapájali do rôznych akcií (napríklad Akcia zimnej pomoci). Pedagogický zbor a študenti sa zúčastňoval mnohých mimoškolských akcii Hlinkovej mládeže a aktivít organizovaných HSĽS.