Viedenská arbitráž znamenala pre Slovensko stratu časti južných okresov. Rozhodnutie vo Viedni a následný vývoj zvyšovali napätie medzi oboma krajinami, čo dokázalo vo svoj prospech využívať Nemecko. Obyvateľstvo, ktoré sa zo dňa na deň ocitlo v inom štátnom útvare a v inom politickom zriadení (Maďarsko bolo v tom čase kráľovstvo), zažilo šok. Časť obyvateľov privítala pripojenie k Maďarsku, čo vyjadrila rôznymi spôsobmi, napríklad uvítacími manifestáciami. Niekoľko mesiacov po arbitráži platil na území pripojenom k Maďarsku výnimočný stav a stanné právo. Bola zavedená vojenská správa, na čele s náčelníkom generálneho štábu armády honvédov. Poradcami vojakov sa stali členovia Zjednotenej maďarskej strany, pôsobiacej v medzivojnovom období v Československu. Títo politici poznali situáciu v regióne, vedeli predpokladať reakcie občanov a tak uľahčovali prácu vojenskej správe.
Dotknutí obyvatelia sa nárazovo museli začať riadiť iným legislatívnymi normami a zvykať si na počiatočné obmedzenia, napríklad vo vlakovej, autobusovej a cestnej doprave. K jej obnoveniu v obciach na hraniciach došlo až koncom roka 1938, keď boli stanovené podmienky malého pohraničného styku. Zmeny nastali aj v používaní úradného jazyka. Prvá Československá republika bola k menšinovým jazykom a kultúram pomerne ústretová, platilo to aj pre používanie jazykov na úradoch a školách. V zmenených pomeroch a v atmosfére vybičovaného nacionalizmu bol priestor pre menšiny a ich jazyky obmedzovaný. Na arbitrážnom území sa maďarský jazyk stal jediným úradným. Nátlak zo strany nových štátnych úradov bol značný a veľa rodín preto opustilo domovy a zamierilo na územie Česko-Slovenskej republiky. Stali sa z nich utečenci, ktorí svoj majetok zanechali napospas osudu. Z obsadeného územia boli maďarskými úradmi vyháňané osoby, ktoré tu nemali domovské právo. Nežiaducimi sa stali aj obyvatelia, ktorí sa do týchto krajov prisťahovali po vzniku Československa v roku 1918 ako kolonisti v rámci pozemkovej reformy. Väčšina z nich opustila svoje domovy ešte pred príchodom maďarskej správy a vojsk. Novourčené hranice medzi oboma štátmi rozdelili rodiny, ktoré k sebe stratili na čas prístup. Viacerí zostali bez príjmov, nakoľko sídlo zamestnávateľa zostalo v druhej krajine. Toto boli každodenné strasti, s ktorými sa obyvatelia arbitrážneho územia museli postupne vyrovnávať.
Maďarská správa uskutočnila na pričlenenom území v prvom rade čistky v úradoch. Prepúšťaní boli bývalí zamestnanci Česko-Slovenskej republiky a to i maďarskej národnosti, ktorým nová vláda nedôverovala. Na tieto miesta boli dosadzovaní zamestnanci z centrálnej časti krajiny. Zatvorené boli slovenské školy a učitelia v nich stratili prácu. Situáciu v arbitrážnej oblasti naplno ovládol revanšizmus, podporovaný aj zo strany vládnych orgánov na oboch stranách hranice. V nasledujúcom období sa vzťahy medzi oboma štátmi pridŕžali zásady reciprocity, ktorá bola zakotvená v §95 dvanástej hlavy ústavy Slovenskej republiky z júla 1939.
V novembri 1939 sa bilaterálne vzťahy medzi oboma krajinami stabilizovali, čoho výsledkom bolo podpísanie dohody o vzájomnej výmene tovarov. Napriek napätým politickým vzťahom boli obe krajiny dobrými hospodárskymi partnermi a v dodávkach produktov sa dopĺňali. Nechýbala ani organizácia propagačných akcií na podporu činnosti v oblasti hospodárstva. V Maďarskom kráľovstve sa produkovalo z veľkej časti pre potreby Nemecka, ktoré krajine dlhovalo obrovské sumy. Od roku 1942 znehodnocovala maďarskú menu rýchlo sa zvyšujúca inflácia. Zásobovanie občanov základnými potravinami zostalo na celkom dobrej úrovni takmer do konca vojny, avšak mnohé ďalšie tovary bolo možné si zaobstarať len na čiernom trhu.
Hoci k deportáciám židovského obyvateľstva z Maďarska došlo o dva roky neskôr ako na Slovensku, nariadenia obmedzujúce ich občianske a hospodárske aktivity tu platili už v medzivojnovom období. Začiatkom 20. rokov 20. storočia vstúpil v Maďarsku do platnosti zákon určujúci početnosť zastúpenia jednotlivých národností žijúcich v Maďarskom kráľovstve v oblasti vysokoškolského vzdelávania (tzv. numerus clausus). Dôsledky veľkej hospodárskej krízy zo začiatku 30. rokov 20. storočia boli v krajine citeľné počas celých tridsiatych rokov. Radikálni politici sa nezamestnanosť snažili riešiť aj na úkor židovskej minority. V máji 1938 prijal maďarský parlament zákon, ktorý bol neskôr označený ako tzv. prvý židovský zákon. Podľa jeho znenia sa Žid definoval na náboženskom základe. Za Žida bol označený každý človek izraelitského vierovyznania a tiež konvertiti, ktorí boli prekrstení po auguste 1919. Zákon obmedzoval početnosť Židov v hospodárskom živote na 20 percent a v praxi sa jeho prijatie prejavilo v prepúšťaní značného množstva zamestnancov. O rok neskôr bol schválený tzv. druhý židovský zákon, ktorý bol v porovnaní s predchádzajúcim oveľa prísnejší. V prvom rade definoval slovo Žid na rasovom základe, čím sa vyrovnal ríšskej rasovej legislatíve. Obmedzil pôsobenie židovskej minority v niektorých odvetviach hospodárskeho života a slobodných povolaniach na 6 %, v nemanuálnych zamestnaniach na 12 %. Zákon siahal na občianske práva, keďže Židia nemohli byť zástupcami v Hornej snemovni parlamentu a nemohli sa uchádzať o zamestnanie vo verejnej správe. V nasledujúcich rokoch boli schválené ešte dve legislatívne normy, označované ako tretí (1941) a štvrtý židovský zákon (1942). Tieto ešte sprísnili nariadenia. Napriek zavedeniu prísnej protižidovskej legislatívy v Maďarsku, nedošlo až do okupácie krajiny Nemcami k deportáciám Židov do nemeckých koncentračných a vyhladzovacích táborov. Situácia sa zásadne zmenila v roku 1944, keď v marci obsadili Maďarské kráľovstvo nemecké vojská a moc z rúk predsedu vlády Miklósa Kállaya prevzal Dӧme Sztójay. K moci sa dostali radikálni, pronacisticky orientovaní politici, medzi inými aj Sándor Jaross, ktorý sa narodil v Nových Zámkoch a v medzivojnovom období bol aktívnym maďarským politikom v Československu. Od tohto obdobia sa v krajine začali vytvárať getá, boli prijaté radikálne opatrenia na zbavenie Židov ľudských a občianskych práv, zvyšného majetku a ich následná deportácia do vyhladzovacích táborov. Nepomohli ani protesty Vatikánu a osobností svetového formátu. Na krátku dobu síce transporty utíchli, ale potom, ako sa k moci dostal Ferenc Szálasi a ultrapravicová Strana šípových krížov, sa mašinéria tzv. konečného riešenia opäť rozbehla plnou silou.
Perzekúcie a diskrimináciu zažívalo v tomto čase i rómske etnikum. Rómom boli nariadené nútené verejné práce, pri ktorých dochádzalo k bitiu a ponižovaniu. Inštitút nútených prác pritom nemal oporu vo vtedajšej maďarskej legislatíve. K zintenzívneniu útlaku členov rómskej minority dochádzalo po tom, ako sa v Maďarsku dostali k moci Szálasiovci. Rómovia boli sústreďovaní v zberných táboroch. Jeden z nich sa nachádzal v pevnosti v Komárne. Ďalej sem maďarské bezpečnostné orgány sústredili politických väzňov a osoby úradmi označené za nežiaduce. Títo ľudia boli využívaní na pracovnú činnosť najmä pri poľnohospodárskych prácach. Nezriedka boli nútení ťažko pracovať maloletí Rómovia, 13 – 14 ročné deti. Následne boli väzni z komárňanskej pevnosti deportovaní do nemeckých koncentračných táborov Dachau, Buchenwald, Bergen-Belsen a Ravensbrück.
