Mníchovskou dohodou z 29. septembra 1938, na základe ktorej Nemecko obsadilo pohraničné územia ČSR, sa otvorila možnosť na uskutočnenie maďarských i poľských revíznych nárokov. O slovensko-maďarskej hranici rozhodla arbitráž Nemecka a Talianska. Podľa rozhodnutia podpísaného 2. novembra 1938 vo Viedni Slovensko muselo do ôsmich dní odstúpiť územie s rozlohou vyše 10 tisíc km2.
Napriek zárukám viedenského aktu sa maďarská vláda s daným stavom nezmierila. Požiadavky Budapešti a maďarskej menšiny na Slovensku podporovali petície za pripojenie ďalších obcí k Maďarsku, neustále konflikty a narušenia hraníc. Zhoršujúce sa vzťahy slovenských a maďarských politických činiteľov výrazne ovplyvňovali každodenný život obyvateľov na oboch stranách hranice. Zjednotená maďarská strana organizovala v obciach na pohraničí, kde žila maďarská menšina, tajné petície a protištátne agitácie požadujúce pričlenenie ďalších dedín k Maďarsku Tieto akcie vyvolávali reakciu zo strany štátnych úradov – v Nitre bola v novembri 1938 vykonaná domová prehliadka sekretariátu Zjednotenej maďarskej strany za účelom zachytenia petičných hárkov.
Dôsledky arbitrážneho rozhodnutia sa viditeľne odrazili na vojenskej a bezpečnostnej stránke. Zabezpečenie nových hraníc si vyžadovalo presun a posilnenie strážnych jednotiek. Zároveň sa zmenil stav etnickej, sociálnej, kultúrnej, osvetovo-vzdelávacej a náboženskej situácie, a to na území obsadenom maďarskou správou, ako aj v slovenskom pohraničí. Slovensko-maďarské vzťahy v rokoch existencie autonómie Slovenska a samostatného slovenského štátu zostávali poznačené trvalým napätím.
Po 2. novembri 1938 zabrali maďarské orgány územie až po južnú hranicu nitrianskeho okresu. Z Nitry sa zo dňa na deň stalo prihraničné okresné mesto. Nespokojnosť maďarských vládnych kruhov a tiež Maďarov z obcí, ktorí zostali za hranicami Maďarska, nútili pokračovať vo vyvolávaní nepokojov na pohraničí. Často išlo o rozdúchavanie protičeskej atmosféry v obciach. Dňa 2. novembra 1938 sa napríklad uskutočnila živelná demonštrácia v Mojmírovciach proti dôstojníkom česko-slovenskej armády, ktorí zatkli vojaka z dôvodu, že zastrelil nadriadeného dôstojníka. Protest zneužili promaďarskí provokatéri na prebudenie protičeských nálad. Demonštrácia sa zvrhla na vzburu vojakov proti dôstojníkom, takže poriadok v obci museli zjednať tanky a žandársky pohotovostný oddiel.
Výsledok viedenského rozhodnutia ovplyvnil bezprostredne život obyvateľstva na oboch stranách nových hraníc. Sťažené podmienky a používanie násilia maďarskými orgánmi na arbitrážnom území tvrdo zasiahli do práv najmä obyvateľov nemaďarskej národnosti. V prvých mesiacoch boli stovky slovenských a českých rodín prinútené vysťahovať sa. Násilnosti a majetkové prečiny boli každodennou realitou. Tlak sa prejavil najmä v snahe obmedziť spoločenskú čulosť slovenskej menšiny, jej kultúrny život, menšinové školstvo a bohoslužby v materinskom jazyku. Pocítila to predovšetkým inteligencia, ktorá sa s obmedzeniami nedokázala zmieriť. Prístup maďarskej moci sa postupne darilo otupiť reakciami slovenskej moci, čím sa zároveň brzdili aj nároky Maďarov na Slovensku.
Najväčší počet utečencov smeroval do nitrianskeho okresu. Stovky utečencov z Maďarska sa v nitrianskom okrese usadilo v troch vlnách: október 1938 – január 1939, február – august 1939, september – december 1939. Rodiny utečencov boli ubytované individuálne, buď vo voľných bytoch jednotlivcov alebo v roľníckych domoch. Utečenci boli hmotne podporovaní príbuznými alebo súkromnými prostriedkami. Mnohí získali ako protihodnotu za svoju prácu zaopatrenie alebo byt do užívania. Časť utečencov, ktorí si nedokázali svojpomocne nájsť ubytovanie, úrady vysielali na väčšie hospodárstva a majetky. K problémom usádzania sa roľníkov (kolonistov), ktorí utiekli z arbitrážneho územia, patrili násilné prejavy domácich poľnohospodárskych robotníkov voči novým prisťahovalcom. Úrady zaznamenali tvrdé strety na jar 1939 napríklad v Golianove, Rastislaviciach, Mojmírovciach a v Nových Sadoch.
Vzťahy Slovenska a Maďarska neboli ani zďaleka ideálne. Pozoruhodnú úroveň dosahovali aspoň v hospodárskej oblasti. Maďarsko bolo jedným z najdôležitejších obchodných partnerov Slovenska. V novembri 1939 bola uzatvorená prvá riadna Dohoda medzi Slovenskou republikou a Maďarským kráľovstvom o úprave vzájomnej výmeny tovarov. Postupne sa zvyšovala výmena tovarov, usporadúvali sa spoločné hospodárske podujatia, výstavy a veľtrhy. Maďarsko dovážalo na Slovensko poľnohospodárske produkty, priemyselné výrobky a suroviny, slovenský vývoz do Maďarska sa sústredil na priemyselný tovar, drevo, drevené uhlie a vápno. Nedostatok určitých surovín v niektorých slovenských krajoch počas vojny sa odstraňoval vyslovene dovozom z Maďarska, čo platilo aj opačne. Slovenské orgány v období, keď sa vo veľkom rušili rôzne maďarské názvy, sochy, znaky či symboly na verejných priestranstvách, dvojjazyčné jedálne lístky v Nitre odobrili, keďže šlo o službu v rámci turistického ruchu.
Obyvateľstvo z pohraničia trápili všedné problémy. Ťažkosti s obrábaním pozemkov preťatých hraničnou čiarou, obmedzené možnosti na stretávanie sa s rodinnými príslušníkmi, ktorí sa ocitli na opačnej strane hraníc, neochota maďarského bezpečnostného aparátu prepúšťať na svoje územie občanov Slovenska, ktorých pokladal za gardistov a exponovaných Slovákov atď. Opakovalo sa aj páchanie násilia bezpečnostných zložiek na príslušníkoch susedného štátu, ťažkosti s uznaním pohraničných preukazov druhou stranou, zneužívanie pohraničných preukazov, riešenie utečeneckej problematiky. Medzi hlavné dôvody odobratia cestovných dokladov patrilo podozrenie z vyzvedačstva a často i vydieranie zo strany mocenských orgánov, čím sa malo docieliť napríklad to, aby obyvatelia vystúpili z politickej strany. Ťažkosti s povoleniami k vystaveniu pasov a prekročeniu hraníc Maďarmi pomáhal riešiť osobne formou interpelácií či sťažností predseda maďarskej strany János Esterházy.
Ihneď po obsadení južného Slovenska maďarským vojskom sa na nitrianskom úseku dohodou styčných dôstojníkov upravili podmienky prekročenia demarkačnej čiary:
1. osobám, ktoré natrvalo alebo na dlhšiu dobu odchádzali do Maďarska, sa povolilo prekročenie hraníc len na priechodoch v Branči (obyvateľom okresu Nitra) a Slepčanoch (z okresu Zlaté Moravce), každá osoba musela mať pri sebe povolenie príslušného okresného úradu a pas,
2. malý pohraničný styk (pravidelné prekračovanie štátnej hranice) sa povolil osobám, ktoré nevyhnutne museli obrábať svoje pozemky, alebo v nutných prípadoch vyhľadania lekárskej pomoci. Mohli prechádzať všade tam, kde sa nachádzali slovenské finančné hliadky, museli sa však v ten istý deň vrátiť, museli mať potvrdenie notárskeho úradu o dôvode cesty a preukaz totožnosti (občiansku legitimáciu, domovský list a pod.),
3. vo všetkých prípadoch bolo prekročenie demarkačnej čiary dovolené len od 8. do 16. hodiny.
Podľa dohody česko-slovensko-maďarskej hospodárskej komisie bol začiatkom decembra 1938 umožnený malý pohraničný, obchodný a poštový styk a železničná osobná i nákladná doprava. Viac ako 160 priechodov malého pohraničného styku na slovensko-maďarskej hranici využívali najmä roľníci a sezónni hospodárski robotníci z pohraničného pásma, ktorí na prekročenie hraníc potrebovali príležitostnú pohraničnú legitimáciu vystavenú notárskymi úradmi. Život v pohraničí do veľkej miery závisel od dohody predstaviteľov štátnej správy na jednej a druhej strane hranice. Napríklad v Novej Vsi nad Žitavou (od novembra 1938 do 14. marca 1939 patrila Maďarsku) došlo k dohode, že pohraničné stráže môžu kvôli náboženským obradom povoliť prechod hranice viacerým osobám naraz v uzavretej skupine pri vstupe i pri výjazde. Civilné a vojenské úrady oboch krajín v Nitre sa zase dohodli na zavedení pasovej kontroly vo vlakoch na trati Ivanka pri Nitre – Komjatice, ako i na udržovaní a prevádzaní vodných diel na rieke Nitra.
Dôležitou súčasťou prihraničného diania bola obojstranná propaganda. Z pohľadu ľudákov pôsobili nebezpečne najmä rozmanité väzby maďarskej menšiny na susedné Maďarsko, ktoré boli príliš tesné a zreteľné. Pocit, že Maďarsko je blízko nielen územne, ale i duchovne, maďarská propaganda pomáhala utvrdzovať. Platilo to aj naopak a na pomedzí sa odohrávala propagandistická vojna. Jej prejavy orgány štátnej moci sledovali a postihovali.
Medzi civilným obyvateľstvom v Nitre sa prejavovala aj protimaďarská nálada. Útoky mali najčastejšie slovnú podobu a boli namierené zvyčajne proti promaďarským kňazom, učiteľom a obchodníkom. Protimaďarské výtržnosti sa objavovali každý rok. V apríli 1940 sa v Nitre po prednáške o utrpení Slovákov v Maďarsku za prítomnosti poslanca Štefana Polakoviča a príslušníkov HG strhli protimaďarské a protižidovské demonštrácie, počas ktorých demonštranti (aj študenti vyslaní profesormi) fyzicky napádali mnohých Maďarov a rozbili niekoľko reklamných tabúľ s maďarskými nápismi a okien na súkromných domoch. Zo sekretariátu Zjednotenej maďarskej strany bola strhnutá tabuľa. Vyčíňanie prestalo až o dva dni. Ďalšia väčšia protimaďarská demonštrácia v Nitre sa uskutočnila pri výročí Viedenskej arbitráže v roku 1943.
Medzi najčastejšie formy propagandy patrilo rozhadzovanie letákov, šírenie tendenčných máp a fotografického materiálu, provokačná výzdoba maďarských vlakových transportov, no predovšetkým slovná propaganda. K jej hlavným témam patrila otázka územných ziskov a porovnávania životnej úrovne, komentovanie vnútropolitických problémov i mocenských vzťahov s Berlínom. Hlavne medzi Maďarmi na Slovensku, ktorí dúfali v zmenu hraníc v prospech Maďarska, sa do roku 1944 neustále rozširovali zvesti, že Maďarsko čoskoro obsadí ďalšie slovenské územia. Ľudácka antipropaganda rozsahom nezaostávala, čo bolo zreteľné v článkoch v dobovej tlači. Vzájomné napätie mali tlmiť recipročné slovensko-maďarské dohody. Tlačové prímeria medzi redakciami slovenských a maďarských periodík vydržali vždy len niekoľko dní či týždňov. Neraz musela v tejto otázke zasahovať diplomacia. Prostriedkom šírenia oficiálnej štátnej propagandy medzi obyvateľmi Slovenskej republiky sa stalo aj rozhlasové vysielanie.
Oficiálne slovensko-maďarské vzťahy v posalzburskom období (po vynútených zmenách v slovenskej vláde) boli relatívne pokojné. K opätovnému zostreniu vzťahov medzi bratislavskou a budapeštianskou vládou došlo na jeseň 1941. Vo veľkej miere to spôsobil incident na štátnej hranici pri Novej Vsi nad Žitavou dňa 3. septembra 1941, keď miestne maďarské orgány mienili zabrať 140 ha pôdy v prospech Maďarska. V novembri 1941 sa po protimaďarských demonštráciách a výtržnostiach v niektorých slovenských mestách natoľko vyostrili medzištátne slovensko-maďarské vzťahy, že došlo k prechodnému prerušeniu diplomatických vzťahov. Spor sa musel vyriešiť na konci novembra v Berlíne.
Obeťou neštandardných pohraničných vzťahov a terčom útokov bola už v roku 1938 židovská komunita na oboch stranách nových hraníc. Situáciu pri obsadzovaní južného Slovenska v roku 1938 sa snažila zneužiť nezákonnými deportáciami Židov do pohraničia nielen slovenská vláda, ale aj maďarská strana odstránením Židov zo svojho územia, ktorí nemali na tomto území domovské právo. V nitrianskej oblasti sa neskôr organizovali úteky stoviek rasovo prenasledovaných občanov, ilegálne prechody slovenských, českých a poľských antifašistov, či vojenských zbehov odmietajúcich slúžiť v slovenskej, resp. maďarskej armáde.
Po vojne boli Mníchovská dohoda a Viedenská arbitráž anulované a južné hranice Slovenska sa posunuli na úroveň spred roku 1938.
